Συγκεκριμένα στις 11 Φεβρουαρίου 2012 έγραφε: «Από τις μεγαλύτερες ατυχίες αυτής της χώρας είναι ότι τα τελευταία χρόνια έπεσε στα χέρια του ΓΑΠ και του Σαμαρά. Σχεδόν ένα μήνα μετά σχολίασε εξαιρετικά αρνητικά τον Μιχάλη Χρυσοχοΐδη γράφοντας «Τι πλάκα που έχει αυτός ο τύπος που έγινε ξανά υπουργός Προστασίας 

Υπενθυμίζεται ότι ο κ. Οικονόμου υπήρξε στενός συνεργάτης της πρώην υπουργού Ντόρας Μπακογιάννη και ως εκ τούτου εσωκομματικός αντίπαλος του Αντώνη Σαμαρά. Είχε μάλιστα ακολουθήσει την κ. Μπακογιάννη στην έξοδό της από τη ΝΔ και την ίδρυση το 2010 του κόμματος Δημοκρατικής Συμμαχίας. Ο κ. Οικονόμου από το πόστο του γενικού γραμματέα του κόμματος σχολίαζε αρνητικά τον τότε πρόεδρο τη ΝΔ Αντώνη Σαμαρά.

Ωστόσο, όταν εκλέχθηκε Πρόεδρος της ΝΔ, ο Κυριάκος Μητσοτάκης, ο Γιάννης Οικονόμου ανέλαβε υπεύθυνος Στρατηγικού Σχεδιασμού.