Τα τελευταία 25 χρόνια ζούσε στη Χιλή, όπου κατέφυγε το ζεύγος μετά την πτώση του Τείχους του Βερολίνου στις 9 Νοεμβρίου 1989, καθώς σε βάρος του Έριχ Χόνεκερ ασκήθηκε ποινική δίωξη για την εκτέλεση 49 ανθρώπων που προσπάθησαν να περάσουν στο Δυτικό Βερολίνο.

Λίγους μήνες πριν, στις 5 Νοεμβρίου 2015, η Μαργκότ Χόνεκερ, σε αποκλειστική συνέντευξη που παραχώρησε στο ΑΠΕ-ΜΠΕ και στον Αντώνη Πολυχρονάκη χαρακτήρισε ως «αντεπανάσταση» τα γεγονότα του 1989, τα οποία ήταν συνέπεια της «θανατηφόρας κούρσας των εξοπλισμών», στην οποία παρέσυραν οι ΗΠΑ τη Σοβιετική Ένωση με τελικό αποτέλεσμα «οι επονομαζόμενοι μεταρρυθμιστές» της να εγκαταλείψουν όλες τις «σοβιετικές κατακτήσεις».

Στην ίδια συνέντευξη, παραδέχθηκε για πρώτη φορά λάθη της Λαοκρατικής Δημοκρατίας της Γερμανίας (ΛΔΓ), «δεν κάναμε πάντα σωστά τη δουλειά μας, εν μέρει εξαιτίας της ανεπάρκειάς μας», λέει, ενώ δεν θεωρούσε τις διαληλώσεις του 1989 στη Λειψία και άλλες πόλεις «εξέγερση», αφού «οι περισσότεροι ήθελαν μια καλύτερη Λαοκρατική Δημοκρατία της Γερμανίας (ΛΔΓ), δεν διαδήλωναν για την κατάργησή της». Ούτε και τον όρο «ειρηνική επανάσταση» δεχόταν για τα γεγονότα του 1989, αφού η «επανάσταση είναι μια βαθιά κοινωνική ρήξη η οποία αποσκοπεί σε μια ριζοσπαστική αλλαγή των κοινωνικών σχέσεων, στην απελευθέρωση των λαϊκών μαζών από την εκμετάλλευση και την καταπίεση», ενώ «αν, όπως συνέβη, υπάρξει πισωγύρισμα σε ξεπερασμένες κοινωνικές και οικονομικές σχέσεις, δεν μπορεί να μιλά κανείς για επανάσταση».
 

Μιλώντας για τη σημερινή Ευρώπη την χαρακτήρισε ως «έργο του μονοπωλιακού κεφαλαίου, μια ιμπεριαλιστική κατασκευή», και ειδικά για τους Έλληνες λέει πως «τους συμβούλευσαν να κάνουν ιδιωτικοποιήσεις κατά το πρότυπο της Λαοκρατικής Γερμανίας», κάτι που όμως εκεί «προκάλεσε μεγάλο κακό».

Ανέφερε επίσης ότι παρακολούθησε «την εξέλιξη του ΣΥΡΙΖΑ με συμπάθεια», αλλά «πρέπει να είμαστε ρεαλιστές», αφού δεν υπάρχει ακόμα «απέναντι στη διεθνή των ισχυρών καμιά ισχυρή δύναμη των καταληστευμένων και των καταπιεσμένων», έστειλε μήνυμα «αλληλεγγύης, συμπάθειας και σεβασμού προς τους Έλληνες», τονίζοντας ότι «οι Έλληνες ξέρουν να αγωνίζονται όπως έχουν αποδείξει στην ιστορία τους» και συμπλήρωσε ότι είναι μαζί τους «η αλληλεγγύη πολλών φίλων σε όλον τον κόσμο».